Os parceiros são essenciais para o desenvolvimento de trabalhos com o Observatório. Estas entidades, mediante o fornecimento de dados e outros meios de cooperação técnica, exaltam e valorizam todo o trabalho do ONTL e produz um benefício para o interesse público. Do mesmo modo, a visão global de transporte e logística do ONTL beneficia aos parceiros em sua própria atividade fornecendo-lhes uma maior visibilidade e utilidade através de um ponto de encontro das informações relevantes para o setor.
Entre todas as parcerias existentes destaca a já assinada com o Ministério da Infraestrutura. Desde a criação da EPL, o Ministério e a própria EPL têm uma relação continua e direta graças à qual é possível aproveitar as sinergias geradas na colaboração entre os órgãos. No que concerne ao ONTL, foi especificamente estabelecido um alinhamento estratégico para o uso eficiente e efetivo de recursos públicos brasileiros e de agentes ligados ao transporte e logística no Brasil.
Entre todas as fontes de dados do ONTL, existem algumas organizações que, devido a sua relevância, ao volume de informações que fornecem e à importância das referidas informações, se tornaram parceiros estratégicos. Estas organizações têm uma participação mais direta no observatório que lhes permite fornecer informações e ideias de grande valor. Além disso, sua posição também lhes permite ser um dos principais beneficiários do trabalho do ONTL.